Vajinismus vücudun bir savunma mekanizmasıdır. Beden, bir tehlike algısı olduğundan refleks olarak kasılarak kendini tehlikeden korumaya çalışır.

Vajinismusun temel nedeni psikolojiktir. Genç kızlara ergenlik çağından itibaren cinselliğin ayıp, kötü ve günah olarak anlatılması, kızlık zarının öneminin abartılması ve ilk birleşmenin acı veren, kanamaya sebep olan bir deneyim olacağının öğretilmesi vajinismus nedenlerinden sadece birkaçıdır. Bazı durumlarda kişinin başından geçen tecavüz veya kötü cinsel deneyimler de vajinismus hastalığının nedeni olabilir. Hamile kalma, doğum veya kızlık zarının yırtılması gibi korkular da az görülmekle birlikte bu hastalığın psikolojik nedenleri arasında gösterilebilir.

Sağlıklı ve aktif cinsel hayata sahip kadınlarda dahi bazı durumlarda geçici de olsa sekonder vajinismus görülebilir. Doğum nedeniyle, jinekolojik ameliyatlar veya büyük üzüntüler sonrasında ve emzirme döneminde kadınlarda görülen cinsel istek azalması bu durumlara örnek olarak gösterilebilir.

Vajinismusun bazı durumlarında kişilerde hiçbir neden saptanamayabilir. Genellikle “iyi kız olma sendromu” adı verilen durumlarda da kişilerin iç disiplinleri oldukça gelişmiş ve geleneksel bir aile yapısına sahip oldukları görülür.